Covid-19: quels sont les variants qui circulent en Afrique?

Le coronavirus qui provoque le Covid-19 a déjà beaucoup muté depuis son apparition fin 2019 en Chine. En plus de la source initiale, dite « sauvage » qui s’est propagée dans le monde entier en 2020, des variants plus contagieux, parfois plus dangereux ou même pouvant échapper en partie à la vaccination, ont vu le jour. L’Organisation mondiale de la santé (OMS) et les États du monde entier suivent donc avec attention l’apparition de ces variants pour pouvoir adapter la riposte face à la pandémie.

En Afrique, comme il y a peu de laboratoires équipés pour le séquençage du génome, c’est-à-dire capables de lire le code génétique du virus, l’OMS a organisé un réseau de laboratoires de référence, qui reçoivent des échantillons de tout le continent pour surveiller l’apparition de ces virus mutants. « Jusqu’à présent, 24 000 échantillons ont été séquencés en Afrique », explique la directrice de l’OMS Afrique, le docteur Matshidiso Moeti. « On sait que ce n’est pas assez et que nous devons rapidement augmenter en cadence », à cause de la montée en puissance de certains variants.

D’après les données déjà collectées par l’OMS, le variant Alpha, aussi appelé variant anglais, est recensé dans 32 pays d’Afrique. On le retrouve surtout dans le nord-ouest et la partie centrale du continent. Le variant Beta, apparu en Afrique du Sud, est, lui, présent dans 27 pays africains. Il est surtout signalé dans les pays du Sud. « Ces deux variants sont plus transmissibles que le virus sauvage », explique le docteur Moeti, mais le variant Delta, le variant indien, l’est encore plus selon elle. À ce jour, il a été recensé dans 16 pays africains.

En Afrique du Sud, alors que le pays traverse une troisième vague de Covid-19 encore plus violente que la précédente, il a pris le pas sur le variant local, le Beta, et est devenu majoritaire. En Ouganda, il représente désormais 97% des tests effectués et 84% en RDC.

« C’est le variant le plus contagieux à ce jour. Il pourrait être jusqu’à 60% plus transmissible que les autres variants, précise la directrice de l’OMS en Afrique. Les premières observations laissent penser que le variant Delta est lié à des formes plus graves et plus longues de Covid-19. »

Variants émergents en Afrique

« Une transmissibilité plus forte, cela veut dire plus de cas, plus d’hospitalisations et un plus grand risque de submerger les systèmes de santé », rappelle Matshidiso Moeti.

En plus de ces trois variants considérés comme « préoccupants » par l’OMS, d’autres variants émergent sur le continent. Ce sont des variants dits « d’intérêts », « à suivre », car ils se propagent dans plusieurs pays et peuvent posséder les mêmes mutations retrouvées dans les variants « préoccupants ». Ils nécessitent encore d’être évalués plus en détails.

En premier lieu, le variant Eta, aussi appelé variant nigérian, même si son origine n’est pas clairement prouvée. Apparu en décembre 2020, « il est désormais présent dans 21 à 25 pays d’Afrique, et est devenu le troisième variant le plus répandu sur le continent, après Alpha et Beta », détaille le docteur Nicksy Gumede-Moeletsi, virologue à l’OMS Afrique. « On commence aussi à observer le variant Kappa, une sous-lignée du variant indien [variant Delta], observé dans trois pays du continent. Enfin, le variant Epsilon, connu comme le variant californien, a été observé dans deux pays d’Afrique. »

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